Üç Yol, 1990'lı yıllarda Avrupa'nın göbeğinde yaşanan Bosna-Hersek savaşının acılarını anlatıyor. Film, savaş sonrası yakınlarını arayan insanların yaşadığı dramatik öykülere odaklanıyor. Ana karakter Bünyamin, çocukluğunda kıskançlığı nedeniyle bir arkadaşının ölümüne sebep olmuş ve bu travmadan yıllarca kurtulamamıştır.
Ailesinden kaçmış ve insanlara iyilik yapma üzerine kurulu bir hayat yaşayan Bünyamin, Bosna'da toplu mezarlardan ceset çıkaran bir kuruluşta çalışmaktadır. Türkiye'ye dönmesine günler kalmıştır.